牙周病的直接的原因是存在于牙齦溝菌感染所引起的。身體防御機能被這些細菌所打敗的時候就引起了牙周病。牙周組織發炎后，支撐牙齒的牙周膜和牙槽骨被破壞，牙齒和牙齦的分界線處就產生了病理性的縫隙。
引起牙周病的原因是牙周病原性細菌。牙周病原性細菌是厭氧性的，和引起齲病的細菌不同，存在于牙齒和牙齒之間，牙齒和牙齦的分界線等處。另外，和齲病致病菌相比，此類的細菌生長速度慢也是其特征。
并且，這種類型的細菌還與其他多種類的細菌寄生在一起形成細菌性生物膜。一般稱之為菌斑。
引起牙周病的原因是這類的細菌集結生活在一起，單純用藥物無法消滅細菌，這也是牙周病治療困難的原因所在。另外，牙周病除了這些直接的原因以外，誘發使病情加快的稱為危險因素。危險因素主要為生活習慣，吸煙，壓力等的環境因子，全身疾病，遺傳基因，年齡，性別等因素。
另外，也有與細菌感染無關的咬合外傷。這是由于支撐牙齒的牙周組織收到過大的咬合力所引起的損傷。
像這樣由于多重原因引起的牙周病的治療就非常復雜。
了解牙周病和齲病的致病菌的不同之處。牙周病治療，齲病預防，根據不同目的使用不同牙刷和護理用品。
防齲對策：餐后盡快清潔牙齒表面。
牙周病對策：1日1次對牙齒和牙齦交界面進行逐一仔細的清潔。
